Гаструляция осуществляется путем инвагинации; бластопор замыкается, но стенка архентерона сохраняет связь с эктодермой / (рис. 86 и 87). Бердон-Джонс (Burdon-Jones, 1952) отмечает, что у Saccoglossus horsti архентерон иногда полностью отделяется от эктодермы; в таких случаях дальнейшее развитие протекает ненормально — анус не прорывается, и зародыш гибнет. Положение бластопора соответствует заднему концу зародыша; позднее здесь образуется анальное отверстие (Heider, 1909).
Еще до замыкания бластопора более глубокая часть архентерона становится тонкостенной и обособляется от остального архентерона перетяжкой в форме непарного целомического мешочка (рис. 88, А, В). Так образуется протоцель. Иногда целом хоботка называют гидроцелем, но, как справедливо указывает Хаймен (Нушап, 1959), это неправильно, так как у иглокожих гидроцель соответствует второму сегменту.
При рассмотрении в профиль протоцель приобретает треугольные очертания, (рис. 88, Б, В). Клетки его стенок образуют псевдоподии, «как бы ищут вокруг себя точки прикрепления» (Heider, 1909) и действительно..вступают в контакт с эктодермой. Один из углов треугольника вытягивается к спинной стороне тела (первое проявление билатеральной симметрии, если не считать временную уплощенность зародыша во время дробления), и прорывается наружу хоботковой порой, которая чаще всего располагается ближе к левой стороне тела. Другой угол треугольника направляется кверху, где образуется чувствительная (апикальная) пластинка, и приобретает характер мышечного тяжа (рис. 88, Д). Третий (брюшной) угол приходит в соприкосновение с передней частью кишки и, распластываясь по ней, отделяет от себя клетки будущих мышц пищевода (рис. 88, Д). Из стенок протоцеля выселяются также клетки мезенхимного характера, которые Давыдов называет (1948) ц е л е н х и-м о й (чтобы подчеркнуть их происхождение от стенки целома).
Сразу после обособления хоботного целома передний конец остального архентерона отгибается к брюшной стороне и прорывается наружу ротовым отверстием. Встречное впячивание эктодермы (стомодеум) выражено при этом очень слабо (см. рис. 88, В). На месте замкнувшегося бластопора сообщение кишки с внешней средой восстанавливается и образуется анус. Оставшийся после отделения протоцеля архентерон расчленяется на переднюю кишку (глотку), расширенный желудок и более тонкую- заднюю кишку; все эти три отдела имеют энтодермальное происхождение, но в составе стенки кишки у большинства кишечнодышащих еще остается материал мезодермы воротничкового и туловищного целомов. Обособление последних обычно задерживается и будет рассмотрено позднее.