Как мы уже видели, метаморфоз кишечнодышащих имеет эволютив-ный характер; у торнарии уже имеются зачатки большинства дефинитивных органов, а при упрощении развития эти органы закладываются еще у зародыша.Процессы органогенеза известны по работам Бейтсона, Моргана, Шпенгеля, Счастного и других (Bateson, 1884—1886; Morgan, 1891, 1894; Spengel, 1893; Stiasny, 1914a, b). По наблюдениям Моргана и Шпенгеля, у поздних торнарии на спинной и брюшной сторонах вдоль медианной линии образуются утолщения эктодермы, в которых дифференцируются нервные элементы, что приводит к развитию спинного и брюшного нервного тяжей. Спинной нервный тяж в области воротничка погружается внутрь и обособляется в форме «воротничкового мозга». При этом у описанной Морганом щупальцевой торнарии сперва образуется нервный желобок, который позднее замыкается в трубку. У Saccoglossus, по Бейт-сону, обособление воротничкового мозга больше напоминает процесс де-ламинации.
По мере удлинения тела животного вытягивается и его кишка, которая приобретает форму простой трубки, энтодермальной по всей ее длине. Рот и анус личинки становятся таковыми взрослого животного. В передней части кишки последовательно спереди назад закладываются жаберные щели. Их зачатки имеют форму парных выпячиваний стенки кишки (жаберных мешков), которые приходят в соприкосновение с эктодермой и прорываются наружу. Первоначально жаберные щели имеют округлые очертания, но затем от спинного края каждой щели врастает неполная перегородка (язычок), поэтому щель приобретает форму подковы (рис. 96). Закладка жаберных щелей у разных видов начинается в разное время, иногда еще у торнарии (см. рис. 93, Б), но чаще — в конце метаморфоза. По-видимому, у некоторых видов новообразование жаберных щелей продолжается всю жизнь.
Довольно поздно закладывается и стомохорд. У пойманной у берегов Новой Англии и описанной Морганом торнарии стомохорд развивается из выпячивания дорсальной стенки кишки недалеко от рта, а у щупальцевой торнарии и у Saccoglossus kowalevskii передний отдел кишки двумя продольными бороздами разделяется на дорсальную и вентральную части, которые спереди отделяются одна от другой и становятся независимыми трубками, а сзади взаимосвязаны. Такой способ обособления стомохорда интересен тем, что напоминает выделение хорды из состава первичной кишки у настоящих хордовых. Но стомохорд кишечнодышащих сохраняет просвет, а в его составе различаются ресничные, железистые и нервные клетки.